公司的赔偿金要扣税。根据我国法律规定，当个人与用人单位解除劳动关系并获得一次性补偿收入时（包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费），只有在当地上年职工平均工资的3倍数额以内的部分可以免征个人所得税。而超过3倍数额的部分需要并入当年的综合所得中，并按照综合所得税率表单独计算纳税金额。因此，公司给予的赔偿金在领取时会扣除相应的税款。

企业收到补偿款时如何做会计分录？

收到补偿款时：

借：应付账款，

贷：营业外收入。

这种赔偿，也可以冲减存货成本。在实际操作中，一般都是冲减存货成本。

会计分录是：

借：银行存款，

贷：应付账款。

同时：

借：应付账款，

贷：原材料/库存商品，

应交税费——应交增值税(进项税额转出)。