1、来源不同：医保余额是患者在医保中心缴纳的医疗保险费用；而健康余额则是患者在医院支付的费用。即医保余额是政府提供的，而健康余额则是患者自己支付的。

2、使用范围不同：医保余额可以用于支付医疗费用，如住院或医院门诊；健康余额可以用于支付医疗费用和其他费用，如药店购药。

3、适用弹性不同，医保余额只能用于住院或医院门诊的费用支出，不能用于其他用途；健康余额除了能够在药店使用外，在某些情况下也能用于住院或医院门诊。

4、发放金额不同：根据各地的具体社保制度的不同，医保余额和健康余额的发放金额会存在差异，一般情况下医保余额较多。

5、所属名目不同：两者不完全不同的账户，且余额名目也会是不同的，社保卡的真正使用的余额需要将两者相加。

医保余额和健康余额会清零吗？

医保余额不会清零，而健康余额则会清零。医保余额是政府提供的，政府会定期更新，所以不会清零。而健康余额是患者自己支付的，患者可以根据自己的需要支付，所以会清零。