会的。两个公司同时支付工资的，分别按累计代扣代缴个人所得税。但是，对于专项附加扣除，在一个年度内只能由一家公司代扣，另一家公司不得代扣。年末汇算清缴时并入综合收益，固定在一家公司进行汇算清缴，多退少补。

个税累积扣除怎么计算？

1、累计预扣法：

本期应预扣预缴税额=(累计预扣预缴应纳税所得额x预扣率-速算扣除数)-累计减免说额-累计已预扣预缴税额。

预缴应纳税所得额=累计收入-累计免税收入-累计减除费用-累计专项扣除-累计专项附加扣除-累计依法确定的其他扣除。

2、累计减除费：累计减除费按当年至本月纳税人在本单位工作的月份数*5000元/月计算。