民航基金和燃油附加费的进项税额不能抵扣。航空运输电子机票行程单上的价格是逐项列出的，包括票价、燃油附加费和民航发展基金。民航发展基金属于政府性基金，不计入航空企业销售收入。因此，不扣除进项税。

根据《关于深化增值税改革有关政策的公告》：第六条、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。

民航发展基金使用范围有哪些？

1.民航基础设施建设，包括机场起降区、航站区、机场围界、民航安全和空中交通管制系统等基础设施建设。

2.对货运航空公司、区域航空公司、国际航空公司、中小型民用运输机场（含军民机场）给予补贴。

3.支持民航节能减排。

4.支持通用航空发展。

5.加强可持续安全能力和适航审定能力建设。

6.民航科教、信等重大科技项目研究开发和新技术应用。

7.其他必要支出。