如果减免税本期发生额的比对不通过，可以采取以下措施：

1.检查数据准确性：重新核对减免税相关的数据，确保其准确性。可能是由于错误的数据输入或计算错误导致比对不通过。

2.了解相关政策规定：深入了解减免税政策的规定和要求，确保自身的操作符合规定。如果发现操作不当或者理解错误，可以进行修正。

3.寻求专业帮助：如果自身对减免税政策不够了解或遇到复杂情况，可以寻求会计师、税务专业人士或专门的税务咨询机构的帮助，以确保按照法律和规定正确操作。

4.申诉或复议：根据相关规定，如果认为减免税的比对结果错误，可以向相关主管税务机关提出申诉或复议请求，陈述自己的情况并提供相关证据。这些机关会重新审核相关材料，并作出相应的决定。

总之，处理减免税本期发生额比对不通过的情况需要仔细核查数据准确性，了解政策规定并采取相应的措施，有需要可以寻求专业帮助，并合法合规地进行申诉或复议。

减免税是政府补助吗？

税收减免不是政府补贴。政府补贴具有非补偿性、资产归属性和资本援助性的特点，税收减免不是企业的收入，不应计入利润征收企业所得税。