农产品进项税额核定扣除适用的税率有两种情况，分别是16%和10%。当计算适用于10%的情况时，指的是针对从农产品购买原料用于生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人而言。而适用于其他纳税人直接从农业生产者购买免税农产品的情况，则适用其他扣除率。

法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》，第二十八条：税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。

第二十九条：除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。

第三十条：扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。

农产品扣除率是含税还是不含税算？

农产品进项税额核定扣除时，应基于不含税金额进行计算。具体而言，扣除率是相对于不含税金额而言的。在计算过程中，首先需要将含税金额转换为不含税金额，然后再乘以相应的扣除率。